La forte relazione tra il sistema nervoso ed il microbioma intestinale è alla base dell'ipotesi che lo stress possa incidere sull'intestino. E' a casua di questo legame che gli ormoni prodotti quando siamo sotto stress riescono ad alterare i batteri. Inoltre, pare che anche i batteri siano in grado di stimolare il rilascio di altri neurotrasmettitori, per esempio la serotonina che è l'ormone della felicità. Questo significa che , se l'intestino viene aiutato , è in grado di difendersi dall'attacco dello stress.

La maniera più efficace per aiutare l'intestino a contrastare l'influenza dello stress è l'assunzione dei prebiotici, sostanze che stimolano la produzione dei batteri "buoni" e sono valide alleate per il potenziamento delle difese immunitarie. I prebiotici migliorano l'assorbimento di alcune sostanze utili all'organismo e stimolano il rilascio di ormoni capaci di contrastare gli effetti negativi dello stress. 

I prebiotici si trovano nei legumi, nell'avena e negli asparagi.